امام علی (ع) از همان ابتدای تصدی امر خلافت، با مخالفان و دشمنان بسیاری روبه رو بودند و دیری نپایید که این مخالفت ها و عداوت ها با امام شدت یافت و با وجود تلاش های فراوان ایشان برای یافتن راهکاری برای حفظ آرامش جامعه و جلوگیری از قتل و کشتار مسلمانان، سه جنگ داخلی جمل، صفین و نهروان در دوران کوتاه حکومت ایشان رخ داد. تلاش امام برای برقراری صلح، در طول جنگ ها نیز ادامه داشت، هر چند در بیشتر اوقات ناکام می ماند. امام علی (ع) در آن زمان که مجبور به جنگیدن با دشمنانشان بودند، با تکیه بر آموزه های قرآن و سیره نبوی، از مسیر حق و عدالت، بیرون نیامدند و با رفتار عادلانه خود، جنگ بر مبنای حقوق الهی و انسانی را به زیبایی به تصویر کشاندند، تا الگوی عملی برای تمام حق جویان باشد. از مهم ترین حقوقی که ایشان در جنگ با مسلمانان به آن پای بند بودند، مذاکره و اتمام حجت با دشمن پیش از آغاز جنگ، برخورد انسانی با دشمن و استفاده نکردن از روش های خشونت آمیز و وحشیانه در جنگ است.
از اختصاصات شیعه اعتقاد به «الامر بین الامرین» در بحث جبر و اختیار است. در احادیث شیعی ابتدا به بطلان نظریه جبر و تفویض پرداخته می شود و سپس به درستی «الامر بین الامرین» برهانی می گردد. ملاصدرا با تبیین و تفسیر این گونه احادیث به بیان منافات نداشتن تعلق علم الهی به افعال انسانی با اختیاری بودن آن ها، منتسب نبودن بی واسطه شرور و نقائص به خداوند و ناسازگاری آن با حکمت و عدالت او به ابطال نظریه جبر می پردازد. از جهت دیگر صدرالمتألهین نادرستی نظریه تفویض را نیز از جهت لزوم شریک داشتن خداوند در افعال خویش، منافات داشتن با سلطنت و احاطه قیومی اثبات می کند. با توجه به تببین حکمت متعالیه از «الامر بین الامرین»انسانی موجودی دارای اختیار می باشد، ولی در اختیار داشتن خویش اختیاری ندارد و مضطر در آن است. از این جهت چنین دیدگاهی لطفی از جانب خداوند به انسان ها بوده و تفاوت بسیاری با نظریه جبر و تفویض دارد.