طرح کلی دین اسلام یکی از دغدغههای آیتالله خامنهای است و در آثار مختلف به تبیین این مهم پرداختهاند. ایشان بر پایه کتاب و سنت، سعی کرده است تا مهمترین معارف اسلام را در ساختاری هندسی و هماهنگ طبقهبندی کند تا از این طریق بتواند اسلام را به عنوان طرح و مسلکی اجتماعی دارای اصولی منسجم و یک آهنگ و ناظر به زندگی جمعی انسانها تبیین کند و از این طریق زمینه برای کشف نظریه اسلام برای جامعه و حکومت اسلامی و هویتبخشی به مسلمین فراهم شود. ایشان با استناد به قرآن کریم و سیره معصومین؟عهم؟، توحید را محور طرح کلی دین میداند که در اطراف آن شبکهای از مفاهیم و معارف زندگیساز در سه عرصه جهانبینی، انسانشناسی و خط مشی اجتماعی شکل میگیرد.
وحى عبارت است از تفهیم سریع، رمزى و نهانى حقایق و معارفى از جانب خداوند به برخى از بندگان برگزیده خویش که از طرقى غیر از راه هاى شناخته شده معرفت همانند شیوه هاى حسى، تجربى، عقلى و کشف و شهود عرفانى به دست مى آید. در نظر متکلمان مسلمان، وحى پدیده اى است که تکامل بشر بدان بستگى داشته و همچنین براى حفظ و بقاى نوع انسانى و جلوگیرى از فساد و ظلم و هرج و مرج و اختلال نظام معاش زندگى انسان از اهمیت بى بدیلى برخوردار است. ازاین رو، لزوم و ضرورت دارد، چنان که قرآن کریم و روایات معصومان: نیز بر اهمیت، ضرورت و جایگاه وحى تأکید دارند. این پژوهش به روش توصیفى تحلیلى، درصدد اثبات لزوم و ضرورت وحى از منظر اندیشمندان مسلمان به ویژه متکلمان اسلامى است. ازاین رو، هیچ وجهى براى انکار آن باقى نمى ماند و با وجود عقل نیز لزوم و ضرورت وحى مورد خدشه واقع نمى شود، بلکه عقل نقش تأییدکننده براى وحى و نبوت را ایفا مى کند.
قرآن کریم دو دیدگاه متفاوت و در عین حال سازگار با هم نسبت به انسان دارد؛ نگاهی آرمان گرایانه در مقام تشریع و تکلیف و در عین حال دیدگاهی واقع گرایانه در مقام امتثال اوامر الهی. در نگاه نخست – که نگاه قرآن به انسان در مقام تشریع است- قرآن کریم معتقد است که تمامی انسان ها این قابلیت و توانایی را دارند که به کمال نهایی خویش دست یابند و این توقع از تمامی انسان ها، توقعی به جاست. اما از منظر دیگر- که دیدگاه قرآن به انسان در مقام امتثال است- معتقد است که اکثر انسان ها در واقعیت نخواهند توانست به این مهم نائل آیند. از منظر ملاصدرا با اصولی مانند اصالت وجود، حرکت جوهری نفس، اتحاد عاقل و معقول و دیگر اصول حکمت متعالیه می توان گفت که نفس انسان با حرکت جوهری خویش و با انتخاب معقولات متناسب و در مجموع با تربیت صحیح عقل نظری و عقل عملی این توانایی و قابلیت را دارد که خود را به مرحله تجرد تام برساند. اما در عین حال اکثر انسان ها از این امر مهم غافل شده و لذا در عمل راه دیگری را در حیات خویش اتخاذ می کنند.
«علم» در حکمت متعالیه مساوق با وجود انگاشته می شود. تحلیل علم در پرتو تفسیری وجودی از آن، سبب ارائه ویژگیهای خاصّ برای دو گونه علم حصولی و علم حضوری در معرفت شناسی حکمت متعالیه می گردد.. مساله پژوهش جاری، تبیین نسبت علم حصولی و حضوری با «توجیه معرفتی» و مشخص نمودن حیطه جریان توجیه معرفتی در دو گونه مذکور از معرفت است. ره یافت بدست آمده که با روی آوردی تحلیلی-منطقی در عبارات صدرالمتالهین حاصل گشته است، اثبات نیازمندی علم حصولی(به سبب دوگانگی وجود علمی و وجود عینی در آن) به توجیه معرفتی و انحصار آن در «برهان» است. علم حضوری نیز، از آن جهت که با شهود وجود عینیِ معلوم حاصل می گردد، در دو گونه متفاوت خود(حسّی و فراحسّی)، بی نیاز از توجیه معرفتی است. ره یافت بدست آمده که با روی آوردی تحلیلی-منطقی در عبارات صدرالمتالهین حاصل گشته است، اثبات نیازمندی علم حصولی(به سبب دوگانگی وجود علمی و وجود عینی در آن) به توجیه معرفتی و انحصار آن در «برهان» است. علم حضوری نیز، از آن جهت که با شهود وجود عینیِ معلوم حاصل می گردد، در دو گونه متفاوت خود(حسّی و فراحسّی)، بی نیاز از توجیه معرفتی است.